Emre Altuğ, ev hanımı bir anne olan Gülçin Altuğ ve diş hekimi bir baba olan Tuncer Altuğ'un ikinci çocuğu olarak İstanbul Levent'te dünyaya gelmiştir. Ailesi köken olarak Niğdelidir ve sanatçı, aile bağlarına her zaman büyük önem vermiştir. Ağabeyi Ahmet Altuğ da kendisi gibi müzikle ilgilenen profesyonel bir müzisyendir. 2008 yılında manken ve sunucu Çağla Şıkel ile dünyaevine girmiş ve bu evlilikten Hüseyin Kuzey Altuğ ile Uzay Tuncer Altuğ adında iki erkek çocuk sahibi olmuştur. 2015 yılında Çağla Şıkel ile yollarını ayırmasına rağmen, çocuklarının eğitimi ve gelişimi için eski eşiyle her zaman uyumlu bir ebeveynlik süreci yürütmüştür. Annesi Gülçin Altuğ'u 2016 yılında kaybetmiş olması, sanatçının hayatındaki en büyük acılardan biri olarak bilinmektedir. Aile üyeleriyle olan ilişkileri, özellikle çocuklarıyla olan yakınlığı magazin dünyasında her zaman takdirle karşılanmıştır. Emre Altuğ, özel hayatını genellikle gözlerden uzak yaşamayı tercih etse de, çocuklarıyla olan anlarını sosyal medya üzerinden paylaşarak hayranlarıyla bağını korumaktadır. Aile değerlerine olan bağlılığı, onun hem profesyonel hem de özel hayatındaki duruşunu şekillendiren temel unsurlardan biridir.

Emre Altuğ, 14 Nisan 1970 tarihinde İstanbul'un Levent semtinde doğmuş olmasına rağmen, köken olarak Niğdelidir. Ailesinin Niğde'den İstanbul'a uzanan göç hikayesi, sanatçının kültürel kimliğinin önemli bir parçasıdır. Çocukluğu Levent ve Akatlar gibi İstanbul'un köklü semtlerinde geçmiş, eğitim hayatını da bu çevrede tamamlamıştır. Niğde kökenli olması, sanatçının Anadolu kültürüyle olan bağını her zaman canlı tutmasını sağlamıştır. İstanbul Üniversitesi Devlet Konservatuvarı Sahne Sanatları Tiyatro Bölümü'nden mezun olması, onun sanatsal vizyonunun İstanbul merkezli gelişmesine olanak tanımıştır. Ancak köklerine olan bağlılığı, çeşitli röportajlarında ve yaşam tarzında kendini göstermektedir. Ailesinin diş hekimliği ve ev hanımlığı gibi geleneksel meslek gruplarından gelmesi, sanatçının disiplinli çalışma ahlakını erken yaşlarda kazanmasına yardımcı olmuştur. İstanbul'un kozmopolit yapısı ile Niğde'nin geleneksel değerlerini birleştiren bir yaşam tarzı benimsemiştir. Bu köken bilgisi, onun biyografisinin temel taşlarından birini oluşturmaktadır.

Emre Altuğ'un aşk hayatı, özellikle Çağla Şıkel ile olan evliliğiyle uzun yıllar magazin gündeminin en çok konuşulan konularından biri olmuştur. 2008 yılında Sortie'de gerçekleşen görkemli bir düğünle evlenen çift, Türkiye'nin en sevilen rüya çiftlerinden biri olarak görülmüştür. 2015 yılında yedi yıllık evliliklerini sonlandırma kararı aldıklarında, bu ayrılık hayranlarını oldukça şaşırtmıştır. Boşanma sonrası her iki taraf da birbirlerine karşı saygılı bir tutum sergilemiş ve çocukları için bir arada kalmayı başarmışlardır. Uzun yıllar boyunca özel hayatıyla gündeme gelmemeye özen gösteren Altuğ, 2026 yılı itibarıyla Pınar Yüzbaşıgil ile yaşadığı ilişkiyle tekrar dikkatleri üzerine çekmiştir. Pınar Yüzbaşıgil'in televizyon sektöründe koordinatör olarak görev yaptığı bilinmektedir. İkilinin yaklaşık iki yıldır gözlerden uzak bir ilişki yürüttüğü ve bu süreci oldukça gizli tuttukları magazin kulislerinde konuşulmaktadır. Emre Altuğ, katıldığı programlarda hayatında biri olduğunu itiraf etmiş ancak detay vermekten kaçınmıştır. Bu yeni aşk, sanatçının hayranları tarafından büyük bir ilgiyle takip edilmektedir.